Los resultados de la batalla de Vargas tanto los adversos para el bando federal, así como los favorables para las fuerzas que se enfrentaban a ellos en nombre del poder central, no fueron aprovechados en sus posibilidades por ninguno de los dos bandos.
El ejército de los hermanos Taboada fuerte en infantería, pero casi sin caballería, se replegó a Santiago del Estero abandonando el campo, previo saquear la ciudad de La Rioja convertida a la sazón en ciudad abierta.
La versión que se difundió por este repliegue es que la escasa ayuda recibida antes del enfrentamiento de parte del poder central no aconsejaba encarar una persecución de los vencidos alejándose de su provincia sin un respaldo más concreto del gobierno de Mitre.
A su vez el fin del mandato presidencial de este estaba demasiado cercano y quedaba pendiente la promesa de que uno de los hermanos Taboada fuera a integrar las fórmulas para la renovación.
Y a su vez el ejército de Varela fuertemente mermado por las bajas sufridas no estaba en condiciones de seguir combatiendo sin tentar una reorganización y reequipamiento de armas y cabalgaduras.
De ambos el que menos posibilidades de recuperación tenía era el ejército federal que aun así emprendió una campaña hacia el norte.
Quedándole a Varela como única baza de prestigio ante la población y ascendiente sobre sus propios hombres el coronel Severo Chumbita, caudillo de Arauco y Aimogasta.
A estas circunstancias se le sumo la intensificación de la represión de las poblaciones del noroeste en su mayoría cercanas al bando federal por parte de las fuerzas de los llamados coroneles uruguayos de Mitre que se tradujo en el ajusticiamiento indiscriminado de pobladores sospechados de presunta afinidad con las montoneras, con el consiguiente incendio de sus casas y el saqueo de haciendas.
Estas prácticas contagiaron una sensación de anarquía y temor público que duro un tiempo prolongado en todo el noroeste argentino.
Varela a pesar de todo igualmente continuo su marcha hacia el norte argentino logrando tomar en octubre de 1867 la ciudad de Salta. Pero viéndose imposibilitado de cumplir una ocupación perdurable de la misma, dado la debilidad y escasez de medios de sus fuerzas.
Su ejército disminuido por las bajas en combate y las deserciones estaba cada vez mas distante de aquella fuerza de los inicios del alzamiento. Y tampoco había recibido la adhesión política que hasta último momento espero de Urquiza.
En esas condiciones con su ejército diezmado y el mismo enfermo de tuberculosis Varela tuvo que cruzar la frontera de Bolivia con un puñado de fieles en busca de su primer asilo político en otro país.
Debiendo resignar a imposición expresa de las autoridades bolivianas todo el armamento pesado para poder continuar su marcha hasta La Paz.
En ese primer exilio Varela, a pesar de su estado de salud cada vez más precario, dará a conocer su ultimo documento explicativo de los motivos fundamentales de la lucha que lo inspiraba titulado” Manifiesto del General Varela a los pueblos americanos sobre los acontecimientos políticos de la República Argentina en los años 1866/67 “
En esta pieza vuelve lapidariamente sobre las ideas fuerza que ya esbozara en su proclama de diciembre de 1866, con pocos agregados argumentales o doctrinarios. Pero esta vez dice algo que merece tomarse muy en cuenta para lo que vendría:” combatiré hasta derramar mi ultima gota de sangre si hace falta por mi bandera y los principios que ella ha simbolizado” (lit.)
Mantiene en 1868, que es la fecha en que esta nueva pieza se edita en Potosí, todavía intacta la fe en una victoria que ya para muchos parece inalcanzable.
Tiene noticias de que hay muchos descontentos con el gobierno porteño en Córdoba y Entre Ríos aglutinados por Simón Luengo y López Jordan. Y los magnifica en su ansiedad de enfermo que sabe que le restan pocas fuerzas. Y así una vez más decide jugar sus últimas cartas.
Por entonces en el contexto nacional había algunos cambios. Todavía se desarrollaba la cruenta guerra en el Paraguay, pero había cambiado el mandato presidencial con la asunción de Domingo F. Sarmiento y creyó que debía aprovecharse el momento transicional para entrar en acción.
Pero en esa apreciación Varela desconocía que el nuevo gobierno estaba en antecedentes de la situación de su ejército y que, para enfrentarlo conjuntamente con las fuerzas federales de Lopez Jordan en Entre Ríos, se había emprendido un reequipamiento con los modernos fusiles norteamericanos Remington.
Igualmente, en enero de 1869 al frente de una disminuida columna de doscientos hombres Varela ingreso a territorio argentino por Salta entrando en combate en el paraje conocido como Pastos Grandes con el ejército de línea, comandado por el entonces Teniente Coronel Julio A. Roca.
A estarse a la única versión que se dispone, cual es el parte de batalla del ejército de línea, se narra que el combate fue cruento produciéndose muchas bajas en las montoneras y la captura de más de cincuenta combatientes.
El parte militar da cuenta también del empeño de los atacantes y se informa que el nuevo equipamiento aún no había sido recibido. Respecto de Varela y de sus oficiales se dice que participaron activamente del combate reagrupando luego a los pocos sobrevivientes y escapando hacia la frontera chilena bajo persecución.
A raíz de estos resultados la suerte de la causa federal en el noroeste argentino había perdido una acción decisiva. Solo restaban en condiciones de una relativa resistencia las fuerzas de Chumbita y Guayama ubicadas hacia el sur.
Desde el inicio de la patriada Varela supo que estaba arriesgándolo todo y que en caso de una derrota no habría retorno.
Asilado ahora en Copiapó con un mínimo grupo de fieles colaboradores y asistentes, en una cuenta regresiva inexorable por su enfermedad siguió la evolución de los hechos en territorio argentino.
Lo hizo a partir de las muy pocas buenas nuevas que espaciadamente iba recibiendo. Su final era cuestión de un poco más de tiempo.
En el noroeste argentino solo quedaban escasas fuerzas al bando federal y en el litoral el protagonismo se traslado a las acciones que aun pudiera emprender Ricardo Lopez Jordan.
